Parafia w Leżajsku powstała w drugiej połowie XIV stulecia na terenie obecnej wsi Stare Miasto. Uposażył ją król Władysław Jagiełło dokumentem wydanym w 1397 r. w Radomiu, jednocześnie nadając wsi królewskie prawa miejskie. Tenże król wydał w 1400 r. w Bieczu odrębny dokument fundacyjny dla istniejącego już kościoła.
Parafia została przekazana przez przemyskiego biskupa Macieja w zarząd zakonowi bożogrobców, którzy właśnie w Leżajsku założyli jedną z pierwszych placówek na tym terenie (inne to: Przeworsk, Urzejowice, Giedlarowa, Rudołowice, Tuligłowy, Gniewczyna), licząc zapewne i na to, że zorganizowana struktura zakonu i większa liczba zakonników w stosunku do kleru diecezjalnego pozwoli podołać takiemu wyzwaniu.
Miasto rosło w siłę, choć trzeba przyznać, że z powodu położenia jednak nieco na uboczu, wśród lasów, ten wzrost był powolny. Miasto trawiły jeszcze kolejne najazdy tatarskie, które systematycznie niszczyły dorobek i zabudowę. Największych zniszczeń dokonali Tatarzy w 1498, 1500, 1503, 1509, 1519 r. Najbardziej dotkliwy najazd miał miejsce w lecie 1524 r. W czerwcu i lipcu Tatarzy doszczętnie spustoszyli Ruś Czerwoną aż po Rzeszów. Leżajsk został wtedy niemal zniesiony z powierzchni ziemi. Mieszkańców uprowadzono w jasyr, potopiwszy wcześniej w pobliskich bagnach starców i dzieci. Król idąc z pomocą mieszczanom zwolnił ich z podwód, samo zaś miasto postanowił (za namową mieszczan) przenieść na inne -obecne- miejsce, bardziej dogodne do ufortyfikowania. Tak rozpoczął się nowy okres w dziejach miasta, trwający od 1524 r. do dziś.
Nowych osadników zwolnił król z wszelkich opłat i podatków na okres 12 lat, by mogło się ono rozwinąć na odpowiednim poziomie.
Równocześnie z utworzeniem nowego miasta stary Leżajsk utracił prawa miejskie, zachowując jedynie nazwę „Stare Miasto”.
Miasto było na początku zbudowane z drewna, którego pod dostatkiem dostarczała Puszcza Sandomierska. Nie poszczęściło się jednak miastu jeśli chodzi o jego pierwszych, na nowej lokalizacji, starostów. Po szybko następujących po sobie zmianach na tym urzędzie w 1587 r. objął je Andrzej Opaliński, marszałek wielki koronny. Po nim objął tę funkcję w 1593 r. jego syn Łukasz i piastował ją do roku 1654. Pozostawił on po sobie niechlubną kartę, prowadząc swoją prywatną wojnę z ówczesnym panem łańcuckim – Stanisławem Stadnickim. Wprawdzie Leżajsk był otoczony z dwóch stron głębokim wąwozem, wałami i parkanami, ale nie obroniło go to od najazdów Stanisława Stadnickiego, który kilkakrotnie zdobywał miasto i łupił je. Dopiero po zakończeniu tej prywatnej wojny Opaliński przystąpił do wzmocnienia miasta. Już wcześniej po rozebraniu drewnianego kościoła farnego w latach 1604 – 1606, rozpoczęto budowę murowanej, obronnej świątyni. Miała być ona jednocześnie najdalej na wschód wysuniętym obwarowaniem miejskim. Nie dokończony kościół został jednak spalony przez Stadnickiego w 1608 r. Obecny kościół zaczęto wznosić przed rokiem 1616 z fundacji księdza Feliksa ze Skaryszewa Skaryszewskiego – ówczesnego proboszcza. Świątynię odbudowano w 1616 r., a konsekracji dokonano w roku 1619. Równocześnie przeprowadzając szereg prac fortyfikacyjnych.
Na przykład w otaczającym murze i na dzwonnicy umieszczono otwory strzelnicze. Pierwotnie przy murze północno – zachodnim znajdowała się też wieża obronna (dzwonnica), wzniesiona po roku 1608 przez ks. Feliksa ze Skaryszewa, której fundamenty odkryto w roku 1963. Obronna fara i ufortyfikowany dwór starościński pozwoliły min. na obronę miasta przed ciężkim najazdem Tatarskim w 1624 r. Mimo, że plac pod kościół został częściowo nadsypany od północy i wschodu, co poprawiło walory obronne kościoła, dając przy okazji ukształtowaną na linii wschód – zachód fosę, to jednak świątynia nie uniknęła częściowego uszkodzenia za przyczyną Szwedów w 1656 r. Na szczęście było to ostatnie tragiczne wydarzenie w dziejach leżajskiej fary.
Parafia pw. Trójcy Świętej w Leżajsku obejmowała pierwotnie swoim zasięgiem niemal cały obszar dzisiejszego dekanatu leżajskiego. Obecnie jest to parafia miejska, rozciągająca się na większą część miasta z ok. 7.000 tysiącami mieszkańców. W miejscu znajduje się jeszcze kościół pw. Jezusa Miłosiernego, który służy jako kościół szkolny dla dzieci i młodzieży. Jest to XIX-wieczna cerkiew greckokatolicka, wielokrotnie przebudowywana.
W parafii pracuje obecnie 6 kapłanów, oraz od 1916 r. Siostry Służebniczki Starowiejskie, które zajmują się katechizacją, oraz prowadzą ochronkę dla dzieci.